由于玛卡中含有多种均衡合理的营养成份以及多种具有生物活性的次生代谢产物，因此，玛卡具备多种保健和改善功效与作用，传统上可用于增强精力、提高生育力、改善更年期综合症、风湿症、抑郁症、贫血症，另外，它还具有抗癌和抗白血病等作用。但是玛卡食用不当会有副作用的。那么玛咖的副作用有哪些呢？
　一：可能会导致甲状腺肿大，玛咖含有硫代葡萄糖甙的化合物,如果结合低碘饮食过量服用，可能会导致甲状腺肿胀。

　二：可能会过敏，好多人都很容易过敏，过敏主要是针对过敏源导致的，而且每个人的过敏源都不同，比如有人对某种花过敏，过敏的症状包含：口部、嘴唇或咽喉有瘙痒、刺痛或肿胀；皮疹、皮肤红肿、瘙痒；腹泻或呕吐；流鼻涕或鼻塞、眼部发红、痛或流眼泪；吞咽困难；咳嗽、喘息、呼吸困难、关节僵硬、昏倒、休克，这些都是过敏的症状，而玛咖也可能是某些人的过敏源。
　三：可能会导致皮肤问题，由于玛咖会增加荷尔蒙分泌，所以青少年、婴幼儿不适合吃玛咖，玛咖会导致青少年粉刺等皮肤疾病。

　四：调节性激素水平，导致月经失调、性欲下降，好多人对这个不理解，玛咖明明可以增加性欲，为什么会导致月经失调、性欲下降？玛咖适合内分泌失衡的人食用，如果您内分泌正常就无须服用玛咖，因为玛咖可能会增加荷尔蒙分泌，导致内分泌失衡，所以古人说的无病不要乱吃药是很有道理的。
　五：可能导致恶心和胃部不舒服，这个主要是因人而异的，跟肠胃状况有很大的关系。
      六：玛咖过量会导致上火，正在上火的人群吃玛咖会导致上火加重，这个量一定要控制好，好东西还要适量摄入。
　玛卡作为一种草本植物，但是不能摄入过量，一般一日保持在25克之内是非常合理的，如果摄入过量，会导致一系列的恶果。